#!/bin/tcsh
#
#  This script runs NWChem on mnemosyne
#
module load mpich
module load nwchem/6.5
#
setenv NWCHEM_PROCS 4
setenv NWCHEM_MEMORY "1200 mb"
setenv NWCHEM_SCRATCH /home/mark/nwchem/scratch
#
set procid=`echo $$`
setenv JOBNAME `ps -p $procid | grep $procid | awk '{print $4}'`
setenv NWCHEM_ROOT `echo $JOBNAME | awk -F_ '{print $1}'`
setenv NWCHEM_SUFFIX `echo $JOBNAME | awk -F_ '{print $2}'`
mkdir $NWCHEM_SCRATCH/$procid
#
# Build the input file
#
cat << finis > $JOBNAME.nw
title "water proton transfer"

start  $NWCHEM_ROOT
permanent_dir $cwd
scratch_dir $NWCHEM_SCRATCH/$procid
memory $NWCHEM_MEMORY
print low
ecce_print $JOBNAME.ecce

charge 1

geometry  autosym units angstrom
  zmatrix
    O1
    H1     O1       dw1
    H2     O1       dw1    H1  aw1
    H3     O1       doh    H1  aw1   H2  tw1
    O2     O1       doo    H1  aw1   H2  tw1
    H4     O2       dw2    O1  aw2   H2  tw1 
    H5     O2       dw2    H4  aw2   O1  tw1
  variables
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  constants
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  end
end


basis 
  * library "6-31++g**"
end

dft
  xc b3lyp
  iterations 1000
  direct
  noio
end

task dft optimize

geometry  autosym units angstrom
  zmatrix
    O1
    H1     O1       dw1
    H2     O1       dw1    H1  aw1
    H3     O1       doh    H1  aw1   H2  tw1
    O2     O1       doo    H1  aw1   H2  tw1
    H4     O2       dw2    O1  aw2   H2  tw1 
    H5     O2       dw2    H4  aw2   O1  tw1
  variables
     dw1  0.97830
     dw2  0.96759
     aw1  113.70123
     aw2  109.04398
  constants
     doh  1.05
     doo  2.95
     tw1  132.06980
  end
end

task dft optimize

geometry  autosym units angstrom
  zmatrix
    O1
    H1     O1       dw1
    H2     O1       dw1    H1  aw1
    H3     O1       doh    H1  aw1   H2  tw1
    O2     O1       doo    H1  aw1   H2  tw1
    H4     O2       dw2    O1  aw2   H2  tw1 
    H5     O2       dw2    H4  aw2   O1  tw1
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  constants
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     tw1  132.06980
  end
end

task dft optimize
geometry  autosym units angstrom
  zmatrix
    O1
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    H5     O2       dw2    H4  aw2   O1  tw1
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     tw1  132.06980
  end
end

task dft optimize
geometry  autosym units angstrom
  zmatrix
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     tw1  132.06980
  end
end

task dft optimize
geometry  autosym units angstrom
  zmatrix
    O1
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     tw1  132.06980
  end
end

task dft optimize
geometry  autosym units angstrom
  zmatrix
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  constants
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     doo  2.95
     tw1  132.06980
  end
end

task dft optimize
geometry  autosym units angstrom
  zmatrix
    O1
    H1     O1       dw1
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    H3     O1       doh    H1  aw1   H2  tw1
    O2     O1       doo    H1  aw1   H2  tw1
    H4     O2       dw2    O1  aw2   H2  tw1 
    H5     O2       dw2    H4  aw2   O1  tw1
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  constants
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     doo  2.95
     tw1  132.06980
  end
end

task dft optimize
geometry  autosym units angstrom
  zmatrix
    O1
    H1     O1       dw1
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     doo  2.95
     tw1  132.06980
  end
end

task dft optimize
geometry  autosym units angstrom
  zmatrix
    O1
    H1     O1       dw1
    H2     O1       dw1    H1  aw1
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    O2     O1       doo    H1  aw1   H2  tw1
    H4     O2       dw2    O1  aw2   H2  tw1 
    H5     O2       dw2    H4  aw2   O1  tw1
  variables
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  constants
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     doo  2.95
     tw1  132.06980
  end
end

task dft optimize

geometry  autosym units angstrom
  zmatrix
    O1
    H1     O1       dw1
    H2     O1       dw1    H1  aw1
    H3     O1       doh    H1  aw1   H2  tw1
    O2     O1       doo    H1  aw1   H2  tw1
    H4     O2       dw2    O1  aw2   H2  tw1 
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     doo  2.95
     tw1  132.06980
  end
end

task dft optimize

geometry  autosym units angstrom
  zmatrix
    O1
    H1     O1       dw1
    H2     O1       dw1    H1  aw1
    H3     O1       doh    H1  aw1   H2  tw1
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    H4     O2       dw2    O1  aw2   H2  tw1 
    H5     O2       dw2    H4  aw2   O1  tw1
  variables
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  constants
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     tw1  132.06980
  end
end

task dft optimize

geometry  autosym units angstrom
  zmatrix
    O1
    H1     O1       dw1
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    H3     O1       doh    H1  aw1   H2  tw1
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  end
end

task dft optimize

geometry  autosym units angstrom
  zmatrix
    O1
    H1     O1       dw1
    H2     O1       dw1    H1  aw1
    H3     O1       doh    H1  aw1   H2  tw1
    O2     O1       doo    H1  aw1   H2  tw1
    H4     O2       dw2    O1  aw2   H2  tw1 
    H5     O2       dw2    H4  aw2   O1  tw1
  variables
     dw1  0.97830
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  constants
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     doo  2.95
     tw1  132.06980
  end
end

task dft optimize

geometry  autosym units angstrom
  zmatrix
    O1
    H1     O1       dw1
    H2     O1       dw1    H1  aw1
    H3     O1       doh    H1  aw1   H2  tw1
    O2     O1       doo    H1  aw1   H2  tw1
    H4     O2       dw2    O1  aw2   H2  tw1 
    H5     O2       dw2    H4  aw2   O1  tw1
  variables
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     doo  2.95
     tw1  132.06980
  end
end

task dft optimize

geometry  autosym units angstrom
  zmatrix
    O1
    H1     O1       dw1
    H2     O1       dw1    H1  aw1
    H3     O1       doh    H1  aw1   H2  tw1
    O2     O1       doo    H1  aw1   H2  tw1
    H4     O2       dw2    O1  aw2   H2  tw1 
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  variables
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  constants
     doh  1.75
     doo  2.95
     tw1  132.06980
  end
end

task dft optimize

geometry  autosym units angstrom
  zmatrix
    O1
    H1     O1       dw1
    H2     O1       dw1    H1  aw1
    H3     O1       doh    H1  aw1   H2  tw1
    O2     O1       doo    H1  aw1   H2  tw1
    H4     O2       dw2    O1  aw2   H2  tw1 
    H5     O2       dw2    H4  aw2   O1  tw1
  variables
     dw1  0.97830
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     aw2  109.04398
  constants
     doh  1.8
     doo  2.95
     tw1  132.06980
  end
end

task dft optimize

geometry  autosym units angstrom
  zmatrix
    O1
    H1     O1       dw1
    H2     O1       dw1    H1  aw1
    H3     O1       doh    H1  aw1   H2  tw1
    O2     O1       doo    H1  aw1   H2  tw1
    H4     O2       dw2    O1  aw2   H2  tw1 
    H5     O2       dw2    H4  aw2   O1  tw1
  variables
     dw1  0.97830
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     aw1  113.70123
     aw2  109.04398
  constants
     doh  1.85
     doo  2.95
     tw1  132.06980
  end
end

task dft optimize

geometry  autosym units angstrom
  zmatrix
    O1
    H1     O1       dw1
    H2     O1       dw1    H1  aw1
    H3     O1       doh    H1  aw1   H2  tw1
    O2     O1       doo    H1  aw1   H2  tw1
    H4     O2       dw2    O1  aw2   H2  tw1 
    H5     O2       dw2    H4  aw2   O1  tw1
  variables
     dw1  0.97830
     dw2  0.96759
     aw1  113.70123
     aw2  109.04398
  constants
     doh  1.9
     doo  2.95
     tw1  132.06980
  end
end

task dft optimize

geometry  autosym units angstrom
  zmatrix
    O1
    H1     O1       dw1
    H2     O1       dw1    H1  aw1
    H3     O1       doh    H1  aw1   H2  tw1
    O2     O1       doo    H1  aw1   H2  tw1
    H4     O2       dw2    O1  aw2   H2  tw1 
    H5     O2       dw2    H4  aw2   O1  tw1
  variables
     dw1  0.97830
     dw2  0.96759
     aw1  113.70123
     aw2  109.04398
  constants
     doh  1.95
     doo  2.95
     tw1  132.06980
  end
end

task dft optimize

finis
#
#   Run the job
#
mpirun -np $NWCHEM_PROCS nwchem $JOBNAME.nw >& $JOBNAME.nwo
#
#   Clean up scratch directory
rm -rf $NWCHEM_SCRATCH/$procid
